2016年U17全国足球联赛第一阶段的比赛已于4月5日正式打响，本年度的比赛共有32支队伍参加，赛程将一直持续至10月底，共分为四个阶段。
第一阶段共分为上下半区，上半区的比赛地设在昆明海埂足球训练基地，下半区的比赛地设在潍坊鲁能足校，每个半区设有AB两组，每组各8支球队，赛制为组内单循环联赛(共7轮)。
分组情况：
上半区(昆明赛区)
A组：新疆足协、天津足协、江苏江阴、东莞麻涌、大连一方、广州足协、四川足协、华夏幸福
B组：山东鲁能、陕西足协、北京青年、广东恒大、上海上港、武汉卓尔、河南建业、人大附一队
下半区(潍坊赛区)
A组：沈阳新野、丽江古城、北京北控、鲁能足校一队、恒大足校、杭州绿城、人大附二队、昆明足协
B组：上海绿地申花、上海申鑫、鲁能足校二队、广西队、重庆足协、青岛中能、延边富德、北京国安
本阶段比赛将持续至4月18日，但在今天潍坊赛区进行的第二轮比赛中却发生了不幸的事情，在广西队与上海申花队的比赛中，广西队左前卫在禁区内补射时被申花球员从后铲倒导致重伤离场，在紧急送往当地医院检查后确认为双腿骨折和胫骨粉碎，并进行了紧急手术，幸好目前的情况已经稳定。
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