运动生涯
2000年7月进根宝足球基地。多次入选国青队，国奥队。
2007年中国足球乙级联赛夺冠并成功打入中国足球甲级联赛的主力队员。
2009年8月1日代表上海参加全国第十一届全运会足球男子甲组夺得冠军的主力队员。
2011年中甲十大新星。
2012年中甲联赛攻入6球，入选中甲最佳阵容。
2013、2014赛季，继续在上海东亚足球俱乐部（上海上港集团足球队）效力。2014赛季中超联赛第二轮，上海上港主场对阵上海申鑫，吕文君在上半场最后时段精彩倒钩进球，帮助球队反超比分。
2017年6月3日，2017赛季中超联赛第12轮，上海上港主场迎战辽宁沈阳开新。最终，凭借胡尔克的梅开二度和“文武”组合的各进一球，上港主场4-1大胜对手。本场比赛，对于替补登场的吕文君来说，可谓意义重大，这是吕文君代表上海上港出战的第100场比赛，能够在如此重要的日子里取得进球，可以说再美好不过了。
2018年1月23日，上海上港2018亚冠联赛资格赛最终报名名单发布，吕文君入选。
2018年3月10日晚，2018赛季中超第2轮上海绿地申花主场0比2输给上海上港，在第53分钟，吕文君推射破门。
2019年10月31日，中国足协公布出征东亚杯中国国家男子足球选拔队集训名单，吕文君入选
2019年11月13日，吕文君入围2019中国金球奖候选名单。
2020年1月，吕文君入选联赛优秀中国籍球员技术档案库。
2020年11月22日晚，在2020赛季亚冠小组赛上海上港VS全北现代的比赛中，上半场吕文君接陈威助攻首开纪录，帮助上海上港2-1战胜对手
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